Тихонов дебютировал за «Спартак» осенью 92-го. Весной следующего года он уже подобрался к основе, но началась полоса невезения: то травмы, то ангина, то документы для поездки в злосчастный Антверпен не успели оформить. В том сезоне Тихонов забил два мяча: московскому «Динамо» и «Океану». Причем второй гол оказался золотым. «Спартак» сыграл с Находкой вничью, но и этого хватило, чтобы досрочно оформить чемпионство.
В 94-м Тихонов стал гораздо больше играть и забивать. В том числе и в Лиге чемпионов — «Баварии» и киевскому «Динамо». А в октябре Тихонов забил сразу четыре в одной игре, досталось «Крыльям Советов». До очередного спартаковского золота оставалась буквально пара матчей.
96-й стал годом Тихонова. «Спартак» обновился и омолодился, и 11-й номер вышел на первые роли. Окончательно он влюбил болельщиков в себя в домашнем матче 1/32 финала Кубка УЕФА против датского «Силькеборга». Сначала Тихонов забил два мяча, а на 90-й минуте уже при счете 3:2 в пользу «Спартака» занял место в воротах из-за удаления голкипера Руслана Нигматуллина. При розыгрыше штрафного мяч отскочил от «стенки» к игроку гостей, после опасного удара которого в дальний нижний угол Тихонов поймал мяч намертво.
А через пару месяцев был золотой матч в Питере. «Спартак» обыграл «Аланию» со счетом 2:1, победный мяч забил, конечно же, Тихонов. В том сезоне он был признан лучшим футболистом России по результатам опроса «СЭ».
Самым результативным в карьере Тихонова стал сезон-99. В чемпионате России он набрал 35 (19+16) очков по системе «гол+пас», добавив к этому еще пять мячей в Лиге чемпионов. 15 сентября 1999 года в первом туре Тихонов трижды поразил ворота голландского «Виллема II» и стал автором первого хет-трика, оформленного игроком российского клуба в групповом турнире Лиги чемпионов.
Расставание со «Спартаком» Тихонов называл самым огорчительным моментом в карьере. Последним стал матч с «Реалом» в Мадриде, после которого в раздевалке произошел конфликт, который стоил Тихонову места в команде. Впрочем, в те дни об этом в открытую никто не говорил.
Мало кто мог тогда представить, что для 29-летнего Тихонова момент ухода из «Спартака» был даже не экватором карьеры. Тихонов немного поиграл в Израиле и вернулся в Россию, приняв предложение из «Крыльев Советов». Он быстро стал своим в Самаре, а в 2004 году помог команде взять бронзовые медали. Выступая за «Крылья», Тихонов забил 100-й мяч в карьере.
После «Крыльев» в карьере Тихонова были «Химки». Он выводил подмосковный клуб в премьер-лигу, играл вместе с красно-черными в финале Кубка России. В 2006 году на день рождения Тихонова пришелся очередной матч, и с поздравлениями в Химки приехали спартаковские фанаты. Свой подарок вручил и Владимир Бесчастных.
В «Спартак» Тихонов вернулся зимой 2011-го, став помощником Валерия Карпина.
В марте Тихонов был включен в заявку «Спартака». Планировалось, что прощальным станет апрельский матч Кубка России против «Краснодара», но осенью состоялись полноценные проводы. Это был официальный матч против «Крыльев», в котором Тихонов отыграл первый тайм и сделал голевую передачу. Спартаковскую легенду проводили баннером «Спасибо, капитан! Удачи, тренер!»