Сыграв вничью в матче 5-го тура первенства ФНЛ против "Луча-Энергии" (2:2), "Балтика" установила уникальное достижение в российском футболе. Клуб из Калининграда первым набрал 1000 очков в новейшей истории подэлитного дивизиона (при трехочковой системе подсчета).
В первой лиге, первом дивизионе и ФНЛ "Балтика" выступала в 1993-1995, 1999-2001, 2003-2004 и с 2006 года.