Руководство ФНЛ приняло решение не исключать клубы из розыгрыша турнира по итогам сезона-2019/20. Ранее исполком РФС утвердил досрочное окончание сезона Олимп-ФНЛ в связи с пандемией коронавируса. Занявшие первые два места «Ротор» и «Химки» выйдут в РПЛ. Стыковые матчи было решено не проводить, таким образом, ставшие третьим и четвертым «Чертаново» и «Торпедо» лишились шансов на выход в элиту.
Таким образом, прописку в ФНЛ сохранили клубы с 16-го по 20-е: «Луч», «Спартак-2», «Текстильщик», «Факел» и «Мордовия».
Кроме того, право сыграть в Олимп-ФНЛ-2020/21 получают победители групп «Олимп-ПФЛ», если пройдут лицензирование.
Таким образом, в следующем сезоне в ФНЛ может теоретически оказаться 24 команды: ранее с розыгрыша ФНЛ снялся «Армавир». К 17 командам, оставшимся в лиге, добавятся две вылетающие из РПЛ, а также, возможно, пять победителей групп ПФЛ: «Акрон», «Велес», «Волгарь», брянское «Динамо» и «Иртыш».