Полузащитник был культовым игроком для США в 1990-е. Харкс первым из американских футболистов сыграл в АПЛ. Забил с 35 метров «гол года» за «Шеффилд Уэнсдей» в ворота легендарного Питера Шилтона. Он бился в финале Кубка лиги с «Арсеналом», а также выступал за «Дерби», «Вест Хэм» и «Ноттингем».
Член Зала славы США был «пожизненным капитаном» сборной и принял участие в двух чемпионатах мира, но мог сыграть на трех.
14 апреля 1998-го главный тренер сборной США Стив Сэмпсон исключил Харкса из национальной команды. Специалист был недоволен лидерскими качествами хавбека и его уровнем дисциплины. Никто не смог нормально объяснить причину отстранения, ведь за два года до этого Сэмпсон назвал опорника своим вечным капитаном. Ждать ответа пришлось 12 лет.
«Я думаю, что мог бы жить со всем остальным и оставить Джона [Харкса] в команде, если бы не личные проблемы», — сказал Сэмпсон в интервью Associated Press в 2010 году. — Одно дело — иметь роман вне команды. Другое дело — иметь роман внутри... Просто есть определенные черты, которые нельзя переходить".
Выяснилось, что Харкс переспал с женой партнера по сборной Эрика Виналды — Эми. Пострадавший нападающий рассказал о случившемся 12 лет спустя. Поводом послужил скандал защитника «Челси» Джона Терри с девушкой футболиста сборной Англии. По информации британских таблоидов, англичанин переспал с возлюбленной Уэйна Бриджа.
«Между тем, что случилось в США в 1998 году, и тем, что сейчас происходит с Англией, есть много общего, — приводит слова Виналды AP. — Это неудачное время для Англии, потому что я знаю, как это может повлиять на команду. Мы знаем, как США выступили на чемпионате мира-1998».
Без отстраненного Харкса американцы проиграли все три матча на ЧМ-1998 во Франции. США получили 0:2 от Германии, проиграли Ирану — 1:2 и уступили Югославии (0:1). Команда набрала ноль очков и вылетела с мирового первенства. Через несколько дней Сэмпсон ушел с поста главного тренера сборной.
«Я называю это неуместными отношениями. Это было основной причиной того, почему я больше не женат», — резюмировал Виналда. Форвард разошелся со второй половинкой в 2003 году.
При этом Харкс официально не подтверждал информацию о романе с супругой Виналды. Полузащитник признавался, что тяжело переживал данный инцидент.
«Не собираюсь пересказывать то, что произошло в прошлом, — рассказывал AP Харкс. — 1998 год был разрушительным для меня и моей семьи. Тот период времени — самый трудный в моей жизни».
Через год после секс-скандала Харкс снова получил вызов в сборную. Хавбек помог США завоевать бронзу на Кубке конфедераций-1999 в Мексике. В 2000-м опорный полузащитник завершил свою международную карьеру на отметке в 90 матчей и шесть забитых мячей за национальную команду. Харкс вместе с женой Синди воспитывает сына и двух дочерей.